Anenii Noi a fost atestat pentru prima oară la 27 iunie 1731 cu denumirea Pașcani pe Bîc. La 27 aprilie 1833 se precizează, că Anina este același sat Pașcani, aflat sub stăpînirea contelui Stuart, care depuse jurămînt de credință Rusiei. La 1856 moșia se afla în arendă la negustorul turc Husan-bei, care avea și cîrciumă în sat. Cătunul Anenirămîne devastat și pustiit în urma evacuării tătarilor din Basarabia.
Abia în 1883, considerat anul renașterii localității, se mută aici cu traiul niște țărani din satele vecine, care se ocupau aici cu agricultura și creșterea vitelor. În 1889 mai multe familii de coloniști germani, provenind din Gubernia Nicolaev, cumpără 1715 deseatine de pămînt și se stabilesc pe moșia Țînțăreni.
Recensămîntul din 1910 stabilește, că pe teritoriul aceleiași moșii, se află 2 sate – Nicolaevca Nouă nemțească și Nicolaevca Veche rusă, fiecare cu biserica și școala lor. Rușii, avînd mai puțin pămînt, lucrau la construcția caselor în satul nemțesc. Creștinii ortodocși moldoveni și ruși umblau la biserica din satul Bulboaca. La 1 ianuarie 1926 Nicolaevca Nouă își schimbă denumirea în Anenii Noi iar Nicolaevca Veche în Anenii Vechi. În 1940 nemții au plecat în Germania, lăsînd 106 gospodării cu 120 de case frumoase și 1713 ha de pămînt arabil.
În 1965 localității i s-a acordat statutul de orășel. În 1969 avea 6.500 de locuitori. Această creștere a populației se datorește apariției mai multor întreprinderi industriale și instituții social-culturale, dar și faptului că în componența orășelului intrau și satele Albinița, Ruseni, Beriozchi, care la 1 iulie 1998 erau localități separate (Albinița se afla în subordinea primăriei Ruseni). Un factor important în această privință l-au jucat fabricile de conserve, de panificație, asociațiile intercolhoznice de construcții, sectorul rutier, punctele de reparații rutiere, de amenajări hidraulice, combinatul de deservire socială, etc.